No ano de 2029, o mundo tornou-se interligados por uma vasta rede eletrônica que permeia todos os aspectos da vida. Essa mesma rede também se torna um campo de batalha para a força de Tóquio segurança Seção Nine, que foi acusado de apreender o mestre hacker conhecido apenas como o Puppet Master. No comando da investigação é o Major Motoko Kusanagi, que - como muitos em seu departamento - é um policial ciborgue, muito mais poderoso do que sua aparência humana poderia sugerir. E ainda como o Puppet Master, que é até capaz de hackers mentes humanas, deixa um rastro de vítimas despojadas de suas memórias, Kusanagi pondera a natureza da sua existência: ela é puramente uma construção artificial, ou há mais? O que, exatamente, é o "fantasma" - sua essência - em seu "escudo" cibernético? Quando Seção Seis se envolve no caso, ela é forçada a confrontar o fato de que há mais aqui do que aparenta, e que o Puppet Master pode realizar algumas das respostas que procura. Mas mal sabe ela que ele foi procurá-la também.