A cidade humana de Sião se defende contra a invasão massiva de máquinas como Neo lutas para acabar com a guerra em outra frente, enquanto também se opor à desonestos Agente Smith.

Tiro back-to-back com The Matrix Reloaded, a terceira e última parcela de Andy Wachowski e Larry Wachowski saga de ação sci-fi pega onde o segundo filme terminou. Neo (Keanu Reeves) permanece inconsciente no mundo real, capturado em uma estação de metrô misterioso que fica entre o mundo da máquina e da Matriz, e Bane (Ian Bliss) ainda é um canal para o agente Smith (Hugo Weaving), que continua a crescer fora de controle, ameaçando destruir ambos os mundos. Entretanto, como as sentinelas chegar mais perto e mais perto de Sião, os cidadãos de última cidade da terra habitada preparar para o ataque inevitável. Pela negociação com o Merovingian (Lambert Wilson), Trinity (Carrie-Anne Moss) e Morpheus (Laurence Fishburne) são capazes de Neo livres que, após reunião com o Oracle (Mary Alice pisando em para o falecido Gloria Foster), decide que ele deve deixar de Sião e de cabeça para o mainframe máquina. Como Neo e Trinity empreendimento no mundo máquina perigosa, com esperança de parar as máquinas e Agente Smith, seus companheiros em Sião tentativa de combater os sentinelas atacando com as probabilidades muito contra eles. Outros membros do elenco incluem retornando Monica Bellucci, Ngai Sing, e Harold Perrineau Jr.